一些典型海洋生态系统遭到破坏。20世纪50年代，全国红树林面积约5.5万公顷，到2002年，红树林面积已不足1.5万公顷，减少了73％，东南三省海岸线红树林分布面积大半消失。

石油开发和围填海等人为活动导致滨海水显地丧失严重。据初步估算，华--夏累计丧失滨海水显地面积约219万公顷，占滨海水显地总面积的50％。此外，由于大量开采珊瑚礁，近岸海域珊瑚礁生态系统受到严重破坏，珊瑚礁分布面积已经减少80％。作为浅海水域初级生产力最高的生物栖息地之一的海草床已经消失......