这下就惹了马蜂窝，东林党人认为郭巩投靠了刚刚成型的阉党，便由御史方大任上疏弹劾郭巩只想杀熊廷弼而救王化贞。

曾经被郭巩弹劾的给事中刘宏光也上疏分辨，认为“今巩于救熊廷弼者尽皆深文周内，被之以党贼之名，而于救化贞者则尽置之不论，甚且欲专杀廷弼而故出化贞”，所以，郭巩弹劾自己，是为杀熊廷弼救王化贞而清除障碍。