东林党与阉党之间的冲突，首先在熊廷弼的处置上爆发了。

根据天启二年四月的三法司会审，熊廷弼和王化贞都被判处了死刑，当时的解释是“若厚诛化贞而廷弼少及于宽政，不惟无以服天下万世之心，恐无以服杨镐、袁应泰之心矣”。

但问题是，这个判决下来后，天启帝当时没有批准，结果，各种幺蛾子便纷至沓来了。

首先，天启二年的六月，周朝瑞、惠世扬、萧基、赖良佐、侯震晹、刘弘化、熊德阳、江秉谦等东林党人立刻上疏弹劾兵部尚书张鹤鸣，称张鹤鸣支持王化贞、破坏熊廷弼三方布置策，属于同案犯，应该一起受罚。