在我研究宇宙矩阵的过程中，我确实遇到了各种各样的问题，有科技瓶颈、资源限制，也有来自外星文明敌人的攻击等等。这些问题在我工作的不同时期都会出现，而每一次我都会尽力去克服这些困难。

首先，科技瓶颈是我在研究过程中遇到的常见问题之一。在不断进步和发展的世界中，技术发展非常快速，每一个发现都会带来新的可能性和挑战。