与此同时，千里之外的辽南地区，却是另一番紧张激烈的景象。护国军将领孙应元，率领着黄德功、曹变蛟、郑森等人，兵分三路，对皮岛周边的几个大岛展开了清剿行动。仅仅用了两天时间，他们就成功清除了这些岛屿上的建奴驻军。

在孙应元等人清剿大岛的同时，一千名皮岛军将士也没有闲着。他们乘坐着数十艘小船，挨个儿搜寻周边的小岛屿，重点清剿岛上的建奴和朝鲜人。按照孙应元和沈世魁的约定，只要发现不是汉人的，一律格杀勿论，岛上的物资也全部收缴。这一命令，看似残酷，却也是无奈之举。