军饷被克扣、拖欠更是家常便饭，有的士兵甚至好几年都拿不到一分军饷。连饭都吃不饱，连基本的生活都无法保障，又有哪个士兵愿意真心实意地为这样的将领、这样的朝廷卖命？这也是明末明军战斗力低下，面对流寇和建奴一触即溃的主要原因之一。

护国军的情况，自然要比旧明军好上百倍不止。在军饷方面，护国军将士的军饷根据军衔和兵种不同，从三两到五两不等，而且每到月底，都会由朱慈烺亲自派遣的专人足额发放，分文不少，从没有出现过克扣、拖欠的情况。