平叛结束后，明廷论功行赏，朱大典因功被晋升为兵部右侍郎，还被赐予了锦衣卫百户的世荫，让子孙后代都能享受朝廷的恩惠。在山东任上的出色表现，让朱大典深受明廷的信任。后来，他被派往凤阳长期镇守，总督江北及河南、湖广的军务，成为了手握重兵的封疆大吏。

也正是在镇守凤阳、执掌漕运及江南三地巡抚事务的这段时间里，朱大典被人扣上了“贪官”的帽子。当时，给事中方士亮、御史郑昆贞等人接连上奏弹劾朱大典，指责他“不能持廉”，说他“性奇贪，多行暴虐”，利用职权大肆搜刮钱财，将管辖范围内四府的僚属钱财尽数榨取，甚至有人夸张地说他“富可敌国”。在这些官员的弹劾下，朝廷下旨将朱大典革职候审，一时间，朱大典成了朝野上下人人唾骂的“大贪官”。