方正化抵达保定后，立刻投入到紧张的备战之中。起义军大军猛攻保定城时，他亲自登上城墙，一马当先地率军反击，凭借着顽强的意志，击杀了数百名起义军士兵。他的勇猛让起义军士兵印象深刻，有人在城下大声喝问他的身份。方正化丝毫不惧，手持兵器，大声回道：“我总监方公也！”?

起义军士兵一听，知道他是明朝的重要官员，顿时蜂拥而上，将他团团围住。方正化拼死抵抗，最终因寡不敌众，被乱刀砍死。而跟随他一同前往保定的随从，也全都战死沙场，无一生还。相较于王承恩的自缢，方正化的死，无疑要凄惨百倍。?