至于十五个皇陵卫，朱慈烺更是下定决心彻底取消。在他看来，一座皇陵驻守一支完整的卫所，完全是资源的极大浪费。护国军士兵训练有素，只需派出少量兵力，便可妥善守卫皇陵，根本无需动辄数百人的卫所。取消皇陵卫后，不仅能节省大量粮饷，其名下的土地也可纳入土地改革的范畴，进一步缓解大明的土地矛盾。

而在二十六支上直亲军卫中，朱慈烺经过反复权衡，决定保留锦衣卫、旗手卫、金吾前后卫与羽林左右卫。锦衣卫作为皇帝的耳目，负责侦察、缉捕等特殊职能，在朝堂制衡中有着不可替代的作用；旗手卫掌管皇家仪仗，金吾前后卫与羽林左右卫则承担着京城巡防与皇宫外围守卫的职责，这几支亲军卫是皇家威严的重要象征，若是贸然废除，难免会引起朝野非议，给改革带来不必要的阻力。朱慈烺深知，改革需循序渐进，不能一蹴而就，保留这几支亲军卫，既是对传统的适度妥协，也是为了稳定朝堂局势。