其次，为了确保清理工作的公平公正，孙传庭命属官调取明朝初年的卫所档案，亲自核对各地士兵及土地的原始数量，要求各地“溯流穷源，从头搜查”，绝不允许有任何遗漏或隐瞒。

最后，孙传庭明确要求，查清目前所有屯田土地的具体位置、耕种者身份。无论是军人、佃户，还是权贵、官吏，一律建册立档，按照规定缴纳粮赋。为了合理征收，他还制定了明确的标准：所有建册的屯田，依据土地的肥沃程度，分为上、中、下三等起课，上地每顷起课18石，中地每顷起课15石，下地每顷起课12石；若无力缴纳粮食，也可按每石7钱银子的标准抵交。