边境安定后，铁铉开始整肃卫所军纪，确保新政在军队中也能顺利推行。

他严令卫所军队不得挪用、克扣流民的种子、农具，凡有违抗者，无论军衔高低，一律就地军法处置。

宁夏卫的一名校尉王虎，自恃是卫指挥使的亲信，私自挪用了十余套朝廷发放给流民的农具，想要送给上司讨好。锦衣卫缇骑在巡查时，当场查获了这批被藏匿的农具。