朱慈炅是仁慈的。段四和叛军头目，统一充军爪哇。杀过人的，统一流放吕宋。其余人员，全数赦免，皇民归乡，发粮。

朱慈炅还特意派出天工院的史官李世熊和文书周大启，前往主持归乡安置，段四裹挟的这批人主要来自邳州和宿迁，这两地都已经完全控制在朝廷手中。

虽然这两个年轻人一个是秀才，一个是举人，但他们有中枢编制，大军在侧，地方上不敢作妖，这也算朱慈炅对年轻官员的锻炼。