同时，朱兴明迅速对辽东军政格局进行了重新安排。

辽东总督一职，并未从现有的十几个总兵中选拔，而是由皇帝亲自任命了一位资历较老、性格沉稳、且绝对忠于朝廷的老将接任，并派去了得力的文官巡抚进行制约。

山海关总兵的人选更是经过精心挑选，并非吴三桂旧部，而是从别处调来的、与辽东原有势力毫无瓜葛的将领，并派去了大量的军官和锦衣卫进行“协助”整军，彻底清洗吴三桂的残余影响。