后来锦衣卫权利逐渐扩大，甚至于在朝廷中由宪司负责的事项逐步由锦衣卫处理。镇抚司由卫的下属独立于锦衣卫，权力扩大，可直接向皇帝上奏。

北镇抚司拥有自己的诏狱，可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。廷杖就是把触怒皇帝的大臣拖出午门杖打。负责行刑的就是锦衣卫校尉，监刑的是司礼监太监。有明一代共行廷杖500余次，杖毙的大臣达50多人。