整治贪官，虽然起到了立竿见影的效果。可是其中的弊端，也是显而易见的。

其实大明国内的局势并不稳定，尤其是经过东西厂还有锦衣卫的清洗，官场几乎是三去其一。这已经对于大明的朝政体系伤筋动骨了，虽不至于崩塌，可是比如说打仗需要调拨粮草，需要调拨物资，这个时候就显得有些力不从心。

只因为拿掉的官员太多，官场上负责的官员人手不够。甚至于，有的更是搞得乱七八糟。