同年七月，大明正式设立定辽都卫指挥使，任命马云、叶旺为指挥使。马云、叶旺率领明军从山东登莱两地出发，战船浩浩荡荡地驶向辽南。当战船在金州登陆时，海浪拍打着将士们的战靴，他们如同天降神兵，正式将军事力量延伸至辽东大地。

马云出身自猛将谢再兴的长枪军，他为人“持身廉洁，驭众宽简，纲纪肃政”，在军中威望极高。他与叶旺合力镇守辽东，凭借着卓越的功绩，最终升任中军都督府都督，成为明代辽东第一任最高军事将领，直至洪武十一年才调离此地。