南宋朝廷虽然打压白连教，可当时的南宋早已是千疮百孔，所以对于白连教也没有什么威胁。

等到元朝大一统后，元朝廷见白连教信徒众多，为了收拢人心，还曾下旨褒奖和承认白连教，因此，白连教也进入了一个全盛时期，甚至在当时，白连教的风头已经盖过了佛道二教。

也正因为朝廷的认可，白连教在这种全盛时期的发展下，也衍生出了更多支派，信仰也越发的繁杂。