元代十三科为：大方脉、杂医、小方脉、风、产、眼、口齿、咽喉、正骨、金疮肿、针灸、祝由、禁。

明代十三科为：大方脉、小方脉、妇人、疮疡、针灸、眼、口齿、咽喉、伤寒、接骨、金镞、按摩、祝由。

1571年，明代的十三科改为十一科，增设了痘疹科，改疮疡为外科，接骨为正骨，去金镞、祝由与按摩等科。

在具体的医疗实践中，每一种科目各有侧重：