2011年起，沪市文物局启动了水下文化遗产的普查工作，在长江口这片能见度几乎为零的水域里探寻水下文化遗产。

2015年，沪市文物局在崇明横沙水域发现了一艘保存较为完整的铁质沉船，考古编号为“长江口一号”。

不久之后，又在该沉船北部发现另一艘体量较大、保存完整的木质古沉船。

这就是长江口二号古船，是一艘清同治年间的贸易商船，是继三十五年前发现的粤省宋代“南海一号”沉船之后，大夏水下考古又一里程碑式的重大发现。