其次为军机内阁，以周瑜为军机大臣，鲁肃、诸葛亮为辅，另有中书令严畯、吕范负责机要文书。

内阁之左为皇宫内职，孙河、陈登等俱任要职，内阁之右为御史及督察院，田丰为御史大夫、满宠为总督掌院，监察百官，掌管狱讼。

另有六部尚书总管政事，吏部尚书崔琰、户部尚书孙邵、礼部尚书向郎、兵部尚书诸葛亮、刑部尚书阚泽、工部尚书张纮。