清理内廷的事自然不是一蹴而就的，所以朱由崧除了正旦大朝仪上带着朱慈焈露了一面外，整整三个月里都待在了紫金山军营中，朝政也是由大学士及各部尚书侍郎到军营汇报的，搞得事态看上去极其紧张的样子。

结果一直到弘光十七年二月末，朱由崧才在锦衣卫、旗手卫大致清理完了内廷后，带着儿孙重回了紫禁城居住。

而就在朱由崧避居紫金山军营期间，内廷各监司局及外镇内臣中有十一名四品太监、三十一名五品少监、十九名六品监丞、四十九名七品典簿、一百五十三名八品长随、七十七名九品奉御被剥夺了职司及一应家财，然后连同族人一起被流放海外。