九月初一，明军完成了对登州城的封锁，不过由于登州城系叛军的大本营，本身又是明廷经营多年的要地，所以城池坚固、粮草充足，更有大量红夷火炮布置在城头，所以相当不容易进攻；此外，登州还三面环海，明军除了从唯一一条陆路进攻外，别无他途可以选择，这也限制了明军攻击的速度和成效。

所以攻城明军只能一面修筑高墙防止孔有德部叛军从陆路突围，另一方面又在城外堆垒比城墙还要高的炮台，日夜炮击城内，以杀伤叛军的有生力量。