天启帝下令逮捕杨涟等六君子后，当年五月，周朝瑞、袁化中、顾大章就先后被抓捕到了锦衣卫北镇抚司；等到六月，魏大中、杨涟、左光斗也先后被抓来了，于是，对六人的审讯便于六月二十八日正式开始。

杨涟等人一开始根本不承认自己从熊廷弼手中收取了什么贿赂，然而“显纯箠楚甚酷，无生理”，于是左光斗便对其余五人说“彼杀我有两法，乘我之不服而亟鞫以毙之，又或阴害于狱中，徐以病闻耳，若初鞫辄服，即送法司，或无死理”，于是众人俱自诬服。