四月初六万历皇帝将徐绍吉、韩浚等人的弹劾奏疏下发内阁，方从哲立刻上本罢免翁正春等人，最终，圣旨决定翁正春、孙慎行、朱国祯三人回籍调理（等于变相免职），王图冠带闲住（免职不罢官，保留政治待遇），乔允升、王之寀免职（贬为平民），惟独东林色彩不太浓厚的孙玮被留用。

接着，吏部施展明升暗降的手段，将江西道御史孙居相外调江西参政，吏科给事中姚永济外调湖广参议副使，山东道御史李邦华外调山西参议，兵科给事中熊明遇外调福建佥事，至此朝中东林党的势力一扫而空，三党在丁巳京察中获得最后的胜利······