之后艾克斯便将自身数据化储存在艾克斯终端里，艾克斯告诉大地，自己是被大地的固有频率所吸引，认定了两人注定要一起战斗。于是大地便和艾克斯一心同体，为了保护地球的和平而战斗。

巴罗慈遗迹的封印被破坏，自太古时期便被封印的阎魔兽——赛格古因而逃出。大地与艾克斯一体化与之战斗却被轻易击败，艾克斯终端也被破坏。艾克斯尽力保护大地安全降落后失去意识。在Xio的研究室里，经大地的修复终于恢复意识但却依然无法进行一体化。