机构变革之初，朝廷上下出现了不小的混乱。职权不明，对机构变动的抵触情绪也不小，在最初的三个月里，朝廷上下颇有些怨言，也出现了不小的抱怨和冷嘲热讽得声音。

但张延龄和王守仁等人都是干实事的人，大都督府和丞相府的联席会议几乎每天都召开。各衙门官员轮流坐堂，解决各种出现的问题，疏通各种不通之处，明晰权限，制定流程。