一九四九年九月十六日，作为部队接收这一部分的国民革命军第十集团军入城，次日，第六战区长官部、湖北省政府等军政首脑机关进入武汉，即日起，正式清点盘查接收在汉日本海空的全部装备、军事仓库、附属工厂、经济机构。

十七日上午，于谨剑随军统机关一起返回了武汉，于谨剑个人负责的交接部门是特工总部，和林力田进行了行政交接、档案封存等一系列的必经程序之后，命令一个连的宪兵将特工总部留守人员就地限制人身自由，再才于下午动身前往武昌重刑事犯监狱。