在史籍上关于忍者活动的最后记载，是1637年的“岛原之乱”，忍者作为幕府的部下参与了这场战斗。

忍者的工作其实很多，主要是为主君进行秘策、破坏、暗杀、收集敌方前线情报、搅乱敌方后援基地等种种谍报活动。所以后世很多人认为，忍者是间谍的鼻祖。

忍者在世时必须隐姓埋名，与黑暗为伍，也不能留下只言片语，以免日后东窗事发。因此，关于忍者的历史记录寥寥无几，只发现忍术秘本中记录了圣德太子身边的一位忍者，忍者的起源至今也没有人说得清楚。