在起初，朱由检还是比较赞同兵部制度，毕竟稳定运行了这么久，而且和现代文明制度最为接近，应该是最好的。

在朱由检看来，只要将五军都督府下放到地方，重新发挥作用，形成类似战区的机构，而不是放在中央荒废，那么明朝的军事很快就会起来。

当初朱元璋将五军都督府放在京师，只是为了削弱武将的权力，而这种做法，在朱由检看来，太过于小心。今后，明军注定将是一支火器化的军队，后勤装备复杂，只要这块控制好，隐患虽然有，但相比五军都督府下放的好处，不值一提。